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原生动物、轮虫、甲壳动物等滤食性动物都是藻类的敌害。如果选塘得当，水母缸租赁，清塘后这类敌害生物发生晚且数量较少。但它们的孢子或休眠卵尚可通过水流、空气、工具等传播污染藻类培育池。一旦大量发生，可根据不同种类按如下方法处理：①甲壳动物 用1g/t可有效地杀灭枝角类、桡足类、虾类、丰年虫等甲壳动物。

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①可作为海流指示种，对探索海流流向有一定帮助。②有孔虫沉积物可作为勘探海底石油资源的一个标志。③有些发光浮游生物（特别是夜光虫）的大面积发光对在夜间作战不利，因发光可以暴露军舰的航行路线。④磷虾类、管水母类等浮游动物大量密集在一起，形成声散射层，可以阻碍或干扰声波在水中的传播。

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硅藻和甲藻是大陆架区生产者的优势种，其生产力是海洋生态系统其他生物生产力的基础，某些甲藻能引起赤潮。浮游动物中的桡足类和磷虾性浮游生物，腔肠动物的浮浪幼虫、蛇尾的长腕幼虫和藤壶的无节幼虫是暂时性浮游生物。磷虾是鱼类的主要饵料之一，南极海洋中的磷虾数量。